自然哲學是直接探討自然的一階哲學，科學哲學則屬後設關注自然科學如何發展的二階哲學。自然哲學功成身退，並不意味其討論失去意義與價值；事實上有本出自科學家之手的自然哲學論著，就被《新聞週刊》列入二十世紀百大著作，此即由諾貝爾醫學獎得主莫諾所著《偶然與必然：現代生物學的自然哲學探討》。莫諾是頗具人文素養的法國分子生物學家，受存在主義影響甚深，乃將他的科學發現引申於人類命運的存在抉擇上。他從無神唯物觀點論述科學成果的意義與價值，被視為「科學人文主義」的代表。面對「偶然」形成的自然宇宙，身為萬物之靈的人類將如何安頓？一旦作出存在抉擇，人生便成為「必然」的歷程。
從歷史發展看，現代科學與技術的「戡天」知識，無疑來自古老自然哲學不斷修正的積累。當自然哲學轉型為自然科學後，哲學只能退一步對科學技術的知與行從事後設批判。對科技與社會的關聯進行瞭解和批判，是現當代哲學責無旁貸的任務。科學哲學如今被視為應用哲學的一環，但追根究底它仍源自關注自然的傳統自然哲學。自然哲學既不應在哲學史中淡出，更當華麗轉身融入應用哲學，進而積極產生哲學實踐，對宇宙與人生的探究面面俱顧，無所偏廢。尤其是放在華人文化與社會的脈絡裏考察，「自然」概念內涵較之西方更多元也更豐富，適足以建構一套讓廣大華人反思並改善宇宙觀與人生觀的「新自然哲學」。
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