中世結束於十五世紀中期東羅馬帝國亡於土耳其人,歐洲文明則在十世紀日耳曼人所建的神聖羅馬帝國開明政策下得以為繼,同時步入近代。哲學史上的近代大約四百年,以大哲黑格爾去世為斷代。近代在十七世紀之前一百五十年被後世視為「文藝復興」時期,具有「重生」之意。這與其說代表創新,不如看作復古,讓古希臘羅馬文明擺脫宗教束縛得以重生復興。此一時期出現不少前科學偉大學者,包括天文觀測者哥白尼、伽利略、開普勒,以及在生理學上奠定血液循環理論的哈維。而真正意上的近代「科學」,還要等到牛頓之後才逐漸浮現。這又比「哥白尼革命」的發生晚了百年,足見信念系統典範轉移需要一定時間。
牛頓於十七世紀出版用其所發明的數學演算方法表達傳統哲學推理的古典力學論著《自然哲學的數學原理》,代表自然哲學從此步入自然科學,哲學所反映的自然觀也由「目的論」轉向「機械論」。反觀此前兩百年的文藝復興時期,自然哲學則呈現相當多元的盛景,像帕拉賽蘇斯就針對人體小宇宙提出極有創見的觀點。他修正了蓋倫認為疾病源自體液失衡,而主張來自元素失衡,因此醫學必須與煉金術合作以診治病患。他在傳統煉金術所認可的汞與硫等元素之外再加上鹽,用三者進行化學療法以調整體質。採用煉金術並非為獲利,而是想改善人體;這種仁心仁術到頭來開創出醫藥化學途徑,他也被視為「毒理學之父」。
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